La mandarine est issue d'un croisement entre un oranger et un mandarinier au début du 20ème siècle en Algérie. L'horticulteur qui a fait cette découverte s'appelait Clément, d'où son nom. Il n'y a donc aucune manipulation génétique.
La clémentine est surtout appréciée par rapport à la mandarine pour ne pas (ou presque pas) contenir de pépins.